Kooperatiba izateak abantaila bereizgarria ematen dio unibertsitateari, xedea kideen interesekin lerrokatzen baitu. Are gehiago, partaideen erabaki ahalmenean oinarritzen diren erakundeak dira kooperatibak, gizarteko beharrizanei pertsonen protagonismotik erantzuteko nahia dutenak, hain zuzen.
Hau horrela izanik, ikasleek gobernu-organoetan eta erabakiak hartzeko organoetan aktiboki parte hartzea funtsezko zutabea da. Kooperatiba parte-hartzea errazten duen erakundea da, eta balio erantsia eskaintzen die bere komunitatea osatzen duten guztiei.
Dinamika parte-hartzaile horrek, komunitatearen zentzua indartzeaz gain, ikasleak ahaldundu ere egiten ditu, protagonista eta kooperatibista izan daitezen eta unibertsitate-esperientzia bete-beteko bat bizi dezaten.
Horretarako, parte hartzeko hainbat mekanismo jartzen dira komunitatearen esku, formalak zein informalak.
Ikasleei dagokienez, ikasketak egiten ari diren bitartean, kooperatibaren aldi baterako bazkideak dira guztiak eta horrek ateak irekitzen dizkie hainbat organotan parte hartzeko.
- Batzar Nagusian: organo goren hau kooperatiba bazkideen 30 ordezkarik, kooperatibaren lan-bazkideen ordezkariek eta bazkide laguntzaileen ordezkariek osatzen dute.
- Kontseilu Errektorean: organo gorenetako bat da, eta kooperatibaren jarduera-ildo nagusiei buruzko erabaki garrantzitsuak hartzen dira bertan. Zuzendaritza Batzordean hartzen diren erabakien deskargua egiten da Kontseilu Errektorean eta berari dagokio bertan hartutako erabakien bozketa egitea.
- Ikasleen Kontseiluan: ikasleen iritziak eta eskaerak jasotzen dira; ondoren, ikasleen ordezkarien bidez goragoko organoetara transferitu daitezen. Bestalde, ikasgela bakoitzean ordezkari bat dago, ikasleen ahotsa jasotzeaz arduratuko dena. Fakultate bakoitzak bere Ikasleen Kontseilua dauka.
Eremu instituzionalaz gain, badira beste talde informalago batzuk ere, ikasleen ahotsa jasotzeaz gain, kultur-, berdintasun- edo aisialdi-gaietan dihardutenak. Besteak beste, Euskara Batzordeak, Berdintasun Taldeak, Neska Taldea, Biteri Ikastetxe Nagusikoaren inguruan aritzen dena edo MUgiHadi, Bidasoako campusean Enpresagintza Fakultateko hainbat ikaslek osaturikoa.
Parte-hartzea ikasleen ahalduntzeko tresna da Mondragon Unibertsitatean, bere burua antolatzeko gai den gizarte baten ametsaren bidean.